Это сложная и многосторонняя сеть небольших, но серьезных по своему научно-экспозиционному потенциалу собраний.  В структуру «Объединённых Музеев Свято-Алексиевской Пустыни» входят:

•     музей путешествий и великих географических открытий,
•     музей изящных искусств им. П.И. Басманова,
•     музей классических древностей,
•     музей путешествий Федора Конюхова,
•     музей казачьего быта,
•     музей естественной истории им. А.Е. Микулина и многое другое.

С 2002 г. Объединенные Музеи Свято-Алексиевской Пустыни являются членом Ассоциации естественнонаучных музеев России и Союза Музеев России. Музеями заключены договоры о сотрудничестве со многими ведущими музеями Москвы и Санкт-Петербурга.

Ежегодно совместно  музеями, Культурным Центром и Гимназией проводятся многодневные научно-практические образовательные конференции очень широкого спектра, серьезной научной представительности, результаты которых публикуются в сборниках.
​
Однако, в первую очередь, музеи являются учебной базой для гимназистов. Учителями гимназии в музеях проводится до 300 уроков в год, не считая внеурочных занятий.
 
Кроме участия в учебном процессе, ведется активная просветительская деятельность. Музеи принимают в своих стенах многочисленные экскурсии.
Музеи принимают в своих стенах многочисленные экскурсии. Невзирая на то, что посещение Музеев и экскурсии бесплатные, Пустынь несет эту тяготу, сознавая, что служит святому делу просвещения и христианской миссии.
Ботанический сад – это еще один музей, только под открытым небом. Коллекция растений в нем на сегодня превышает 700 видов (свыше тысячи сортов). Осуществляется обмен посадочным материалом с Главным ботаническим садом им. Н.В. Цицина РАН. Ботанический сад используется как объект культурного, просветительского и учебно-воспитательного назначения.
В хозяйстве Обители также организован небольшой зоопарк из диких и декоративных животных и птиц.
Кроме того, на 80-ти гектарах доброкачественной земли заложен дендропарк.