В 2002 г. в Свято-Алексиевской Пустыне создан и успешно функционирует Православный культурный центр Святителя Филарета Московского. Его задача – создание и организация работы учреждений культуры на территории Обители.

Центром организована уникальная Библиотека. Фактически, формирование ее началось с самого начала существования Пустыни, когда отец Алексий привез сюда свою собственную коллекцию книг из 6 тыс. томов.

​

Сегодня библиотека давно переросла рамки школьной.

В настоящее время комплекс библиотечных учреждений Пустыни представлен Фундаментальной библиотекой с численностью фонда более 350 тысяч томов, которая включает:

• ​    Библиотека и читальный зал  гимназии,
•     Отдел редкой книги,
•     Отдел рукописей,
•     Арт-кабинет,
•     Античный кабинет,
•     Пушкинский кабинет,
•     Шекспировский кабинет,
•     Военно-историческая и военно-учебная библиотека Кадетского  корпуса,
•     Картографический кабинет.

В Отделе мемориальных библиотек отдельными коллекциями хранятся библиотеки ученых:

•     академика Б.В.  Раушенбаха,
•     академика В.Г.  Фесенкова,
•     профессора Н.А. Чистяковой,
•     профессора М.Ф. Мурьянова.
• 
  
• Отдельные коллекции фрагментов библиотек ученых:
• 
  
•     члена-корреспондента АН А.А. Ляпунова,
•     профессора П.В. Флоренского
•     профессора Р.В. Кинжалова и др.

В Научном архиве Обители хранятся также рукописные архивы перечисленных ученых и много других материалов.

В Отделе редкой книги собраны издания прошлых веков отечественной и зарубежной литературы.  Кроме того имеется уникальная коллекция репринтных периодических изданий, среди которых полные комплекты дореволюционных журналов «Русская старина» в 175 т.; Русский архив» в 150 т.;  журнал «Нива» в 100 т. и др.

В собрании кириллических книг богословского и богослужебного содержания XVII – начала XX вв. 342 издания уже описаны. Они составляют коллекцию, в которую входят Библии, Евангелие, Псалтири, Кормчая, Лествица, Киево-Печерский патерик, Большой Каноник, служебники, сочинения Дмитрия Ростовского, Иоанна Златоуста и др.

Фундаментальная научная Библиотека Свято-Алексиевской Пустыни (ФНБ САП) представляет собой несомненную общенациональную культурную ценность, в связи с чем Библиотекой Российской Академии Наук в 2011 году было принято решение об оказании помощи ФНБ Обители в создании электронного каталога книжного фонда.

Отдельная часть каталога включает только учебные и методические пособия Православной классической гимназии. Все вновь поступающие учебники оперативно вносятся в электронный каталог и ежегодно передаются в гимназию.

​

Также предусматривалась поэтапная публикация библиотечного каталога на бумажных носителях.

​

Первый печатный каталог Фундаментальной библиотеки был подготовлен в 2016 г. совместно с Библиотекой Академии наук в Санкт-Петербурге. Общий объем каталога составил 1063 страницы.

​

В него вошли описания 50 тыс. изданий: энциклопедии, журналы, альманахи и периодические сборники, богословская литература, наиболее ценные и востребованные филологические коллекции и серии:   

•     «Десять веков русской литературы»,
•     «Библиотека всемирной литературы»,
•     «Литературные памятники»,
•     «Античная библиотека»,«Византийская библиотека», «Александрийская библиотека»;
•     "Библиотека мировой литературы для детей" и др.

Полностью описаны известные биографические серии:

•     Биографическая серия Флорентия Павленкова,
•     «Жизнь замечательных людей»
•     «Жизнь в искусстве» и др.

Около 2000 описаний книг осуществлено в Арт-кабинете по всем разделам искусства, включая учебные и методические пособия для Школы искусств.

​

Медиатека также имеет электронный каталог, в который включены описания компакт-дисков с документальными,  художественными и научно-познавательными и мультипликационными фильмами.

Для удобства поиска печатный каталог снабжен алфавитными именными и предметными указателями.

Гимназистам доступны читальные залы, работает абонемент. Для начальной школы оборудована отдельная библиотека из книг, соответствующих программе и возрастной категории.