В 2002 г. в Свято-Алексиевской Пустыне создан и успешно функционирует Православный культурный центр Святителя Филарета Московского. Его задача – создание и организация работы учреждений культуры на территории Обители.
Центром организована уникальная Библиотека. Фактически, формирование ее началось с самого начала существования Пустыни, когда отец Алексий привез сюда свою собственную коллекцию книг из 6 тыс. томов.
Сегодня библиотека давно переросла рамки школьной.
В настоящее время комплекс библиотечных учреждений Пустыни представлен Фундаментальной библиотекой с численностью фонда более 350 тысяч томов, которая включает:
- Библиотека и читальный зал гимназии,
- Отдел редкой книги,
- Отдел рукописей,
- Арт-кабинет,
- Античный кабинет,
- Пушкинский кабинет,
- Шекспировский кабинет,
- Военно-историческая и военно-учебная библиотека Кадетского корпуса,
- Картографический кабинет.
В Отделе мемориальных библиотек отдельными коллекциями хранятся библиотеки ученых:
- академика Б.В. Раушенбаха,
- академика В.Г. Фесенкова,
- профессора Н.А. Чистяковой,
- профессора М.Ф. Мурьянова.
- Отдельные коллекции фрагментов библиотек ученых:
- члена-корреспондента АН А.А. Ляпунова,
- профессора П.В. Флоренского
- профессора Р.В. Кинжалова и др.
В Научном архиве Обители хранятся также рукописные архивы перечисленных ученых и много других материалов.
В Отделе редкой книги собраны издания прошлых веков отечественной и зарубежной литературы. Кроме того имеется уникальная коллекция репринтных периодических изданий, среди которых полные комплекты дореволюционных журналов «Русская старина» в 175 т.; Русский архив» в 150 т.; журнал «Нива» в 100 т. и др.
В собрании кириллических книг богословского и богослужебного содержания XVII – начала XX вв. 342 издания уже описаны. Они составляют коллекцию, в которую входят Библии, Евангелие, Псалтири, Кормчая, Лествица, Киево-Печерский патерик, Большой Каноник, служебники, сочинения Дмитрия Ростовского, Иоанна Златоуста и др.
Фундаментальная научная Библиотека Свято-Алексиевской Пустыни (ФНБ САП) представляет собой несомненную общенациональную культурную ценность, в связи с чем Библиотекой Российской Академии Наук в 2011 году было принято решение об оказании помощи ФНБ Обители в создании электронного каталога книжного фонда.
Отдельная часть каталога включает только учебные и методические пособия Православной классической гимназии. Все вновь поступающие учебники оперативно вносятся в электронный каталог и ежегодно передаются в гимназию.
Также предусматривалась поэтапная публикация библиотечного каталога на бумажных носителях.
Первый печатный каталог Фундаментальной библиотеки был подготовлен в 2016 г. совместно с Библиотекой Академии наук в Санкт-Петербурге. Общий объем каталога составил 1063 страницы.
В него вошли описания 50 тыс. изданий: энциклопедии, журналы, альманахи и периодические сборники, богословская литература, наиболее ценные и востребованные филологические коллекции и серии:
- «Десять веков русской литературы»,
- «Библиотека всемирной литературы»,
- «Литературные памятники»,
- «Античная библиотека»,«Византийская библиотека», «Александрийская библиотека»;
- "Библиотека мировой литературы для детей" и др.
Полностью описаны известные биографические серии:
- Биографическая серия Флорентия Павленкова,
- «Жизнь замечательных людей»
- «Жизнь в искусстве» и др.
Около 2000 описаний книг осуществлено в Арт-кабинете по всем разделам искусства, включая учебные и методические пособия для Школы искусств.
Медиатека также имеет электронный каталог, в который включены описания компакт-дисков с документальными, художественными и научно-познавательными и мультипликационными фильмами.
Для удобства поиска печатный каталог снабжен алфавитными именными и предметными указателями.
Гимназистам доступны читальные залы, работает абонемент. Для начальной школы оборудована отдельная библиотека из книг, соответствующих программе и возрастной категории.